สาเหตุของฟันผุเกิดจากการอาหารที่เลือกรับประทานอาหาร และการทำความสะอาดฟันที่ไม่สะอาดเพียงพอ การที่มีเศษอาหารไปค้างอยู่ตามซอกฟันเป็นระยะเวลานาน หรือมีน้ำตาลจากอาหารที่กิน จึงทำให้เชื้อแบคทีเรีย เชื้อแบคทีเรียตัวนี้ (Streptococcus mutans) จะเปลี่ยนน้ำตาลให้กลายเป็นสารที่มีฤทธิ์เป็นกรดและสลายแร่ธาตุซึ่งเป็นโครงสร้างของฟันจนทำให้ฟันผุไปทีละน้อยจากชั้นเคลือบฟันภายนอกเข้าไปในเนื้อฟัน จนทะลุถึงชั้นโพรงประสาทฟัน (Pulp) ซึ่งจะทำให้เกิดอาการปวดฟัน หรือฟันอักเสบเป็นหนองได้